| 姓名：凌飞 职称：教授、博士生导师、硕士生导师 研究方向：遗传与基因组学、肿瘤免疫微环境、帕金森病 电子邮箱：fling@scut.edu.cn 办公地点：B6-302 办公电话：无 |
博士生：生物化学与分子生物学
硕士生：生物化学与分子生物学
专业学位硕士：生物工程、医药生物学
1991-1995年，中山大8297至尊品牌游戏官方网站命科学8297至尊品牌游戏官方网站，动物学专业，学士学位
1999-2000年，华南师范大8297至尊品牌游戏官方网站命科8297至尊品牌游戏官方网站，进修生物化学与分子生物学研究生课程
2004、2008年，华南农业大学动物分子遗传专业，硕士、博士学位。
2008-2010年，华南理工大8297至尊品牌游戏官方网站命科学与工程8297至尊品牌游戏官方网站，博士后研究。
2013-2014年，美国华盛顿大学医8297至尊品牌游戏官方网站基因组科学系，Josh Akey课题组，基因组研究。
1996年2月-1997年7月，海南省保亭县中学
1997年8月-2001年8月，海南省琼州大8297至尊品牌游戏官方网站物8297至尊品牌游戏官方网站
2004年7月-2005年8月，华南农业大学动物科学8297至尊品牌游戏官方网站陈瑶生教授课题组
2011年3月至今，华南理工大8297至尊品牌游戏官方网站物8297至尊品牌游戏官方网站
本科生教学：主讲《分子生物学》及《科技论文写作与发表》
1）荣获广东省教育厅主办的2020年广东省第十届 “淬炼师德师能 践行育人使命”微视频高校本科组三等奖；
2）指导本科生获2022全国大8297至尊品牌游戏官方网站生命科学竞赛省级三等奖；
3）荣获华南理工大学2020-2021本科教学竞赛正高组优胜奖；
科研兴趣
1）利用生物信息学、进化基因组学、基因组编辑技术，研究基因组调控区的变异与遗传性疾病等表型变异的关系，并寻找遗传标记和鉴定因果变异。
2）利用scRNA-seq等最新单细胞组学方法，研究肿瘤免疫微环境免疫亚型细胞在肿瘤进展中的作用。
3）通过计算生物学等跨学科合作，基于动态网络标记物方法，对老年性疾病相关的免疫衰退前进行预警，如肿瘤恶化前预警，T细胞耗竭前预警，多巴胺能神经元退行性变前、a-突出蛋白异常聚集前的预警，发现免疫衰老等老年性疾病的标记物、干预靶点及其发生的分子机制，为早期干预，阻止免疫衰退另辟蹊径。
科研项目
主持国家自然科学基金面上项目，主持国家科技支撑计划子课题，同时还主持省教育厅省级重大项目、中国博士后基金、广东省自然科学基金、广东省科技计划项目、中央高校基本科研业务费面上项目、重点项目和滚动项目等课题。参加国家基金重点项目等。
近年已发表SCI论文53篇（第一作者或通讯作者身份发表SCI文章38篇，Q1共17篇，总影响因子252）。第一或通讯作者论文在Nature Biotechnology、 Clinical and Translational Medicine、Journal of Translational Medicine、Frontiers in Immunology、mSystem、Computational and Structural Biotechnology Journal等杂志发表。一篇开拓性文章《食蟹猴与中国恒河猴两种非人灵长类动物模型的基因组测序与比较》在《Nature Biotechnology》（影响因子54.9）在线发表。该重大成果的取得实现了华南理工大8297至尊品牌游戏官方网站物8297至尊品牌游戏官方网站教师问鼎自然系列杂志零的突破。本人在美国西雅图华盛顿大学基因组科学系的进化基因组领域著名教授Josh Akey的课题组学习期间，着重研究调控区变异如何影响表型的变异，共同发表了多篇相关论文。目前课题组聚焦单细胞组学研究，通过跨学科合作，结合计算生物学方法，针对恶性肿瘤的免疫逃逸和老年性相关疾病的免疫衰退进行预警，旨在发现可指导临床的生物标记物、免疫治疗靶点和分子机制。成果如下：
在组学和生物信息学方面的积累
1）通过动态网络生物标志物的方法，发现了影响帕金森病α-突触核蛋白病理性聚集前的核心基因MAPKAPK2，并在大数据样本的血液中检测到该基因的表达量在帕金森病患者中显著性高表达，预示该基因可能成为帕金森病发生前的潜在的生物标记物，研究成果2023发表于神经科学领域的顶刊npj Parkinson's Disease（IF 9.3）。
2）基于计算生物学、单细胞转录组学的动态网络生物标志物方法，我们构建了上皮细胞恶化轨迹，鉴定了 CRC 患者的预恶化上皮细胞。 推测FOS和JUN 通过抑制P53的表达进一步抑制P53依赖性细胞凋亡，有助于上皮细胞的恶化；还提出恶性上皮细胞通过 GDF 信号通路促进了预恶化上皮细胞的进展。这些发现为上皮细胞恶化的机制和 CRC 的早期干预提供了新的见解。研究成果于2023发表于J Transl Med（IF 8.44）
3）从单细胞转录组水平描绘了恶性肿瘤多空间位点的免疫微环境图谱，精细描绘了肠癌中免疫细胞多样性特征。该成果对免疫微环境中的各种免疫细胞亚型相互作用如何影响疾病进展提供新角度和新线索。研究成果2021在 Clinical and Translational Medicine (IF 11.492)发表；
4）利用计算生物学方法，对结直肠癌T细胞耗竭前进行预警，发现耗竭前T细胞动态网络变化，鉴定出关键基因，相关研究成果Dynamic network biomarker of pre-exhaustion CD8+ T cell contributed to T cell exhaustion in colorectal cancer于2021年在Frontiers in immunology（IF 8.6）上发表。
近期的代表作列表如下：
1.Xiaoqi Huang, Chongyin Han, Jiayuan Zhong, Jiaqi Hu, Yabin Jin, Qinqin Zhang, Wei Luo, Rui Liu, Fei Ling. Low expression of the dynamic network markers FOS/JUN in pre-deteriorated epithelial cells is associated with the progression of colorectal adenoma to carcinoma. J Transl Med 2023 Jan 25;21(1):45. doi: 10.1186/s12967-023-03890-5(通讯作者）(if:8.44)
2.Zhenggang Zhong, Jiabao Li, Jiayuan Zhong, Yilin Huang, Jiaqi Hu, Piao Zhang, Baowen Zhang, Yabin Jin, Wei Luo, Rui Liu, Yuhu Zhang, Fei Ling, MAPKAPK2, a potential dynamic network biomarker of α-synuclein prior to its aggregation in PD patients,2023, accepted by npj Parkinson's Disease (通讯作者）(if:9.3)
3.Qingxiu Hu, Xiaoqi Huang, Yabin Jin, Rui Zhang, Aimin Zhao, Yiping Wang, Chenyun Zhou, Weixin Liu, Xunwei Liu, Chunhua Li, Guangyi Fan, Min Zhuo, Xiaoning Wang, Fei Ling & Wei Luo. Long-read assembly of major histocompatibility complex and killer cell immunoglobulin-like receptor genome regions in cynomolgus macaque. Biology direct. 2022 Nov 29;17(1):36. doi: 10.1186/s13062-022-00350-w(通讯作者）(if:7.1)
4.Liu R, Han C, Hu J, Zhang B, Luo W, Ling F. Infiltration of Apoptotic M2 Macrophage Subpopulation Is Negatively Correlated with the Immunotherapy Response in Colorectal Cancer. Int J Mol Sci. 2022 Sep 20;23(19):11014. doi: 10.3390/ijms231911014. (通讯作者）(if:6.2)
5.Chongyin Han , Jiayuan Zhong , Qinqin Zhang , Jiaqi Hu , Rui Liu , Huisheng Liu , Zongchao Mo , Pei Chen , Fei Ling. Development of a dynamic network biomarkers method and its application for detecting the tipping point of prior disease development. Computational and Structural Biotechnology Journal. 20(2022) 1189–1197 https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.02.019 (通讯作者）(if:7.2)
6.Wei Wang, Yu Zhong, Zhenkun Zhuang, Jiarui Xie, Yueer Lu, Chengzhi Huang, Yan Sun, Liang Wu, Jianhua Yin, Hang Yu, Zhiqiang Jiang, Shanshan Wang, Chunqing Wang, Yuanhang Zhang, Yilin Huang, Chongyin Han, Zhenggang Zhong, Jialin Hu, Ying Ouyang, Huisheng Liu, Mengya Yu, Xiaochan Wei, Dandan Chen, Lizhen Huang, Yong Hou, Zhanglin Lin , Shiping Liu , Fei Ling, Xueqing Yao. Multi-region single-cell sequencing Reveals the Transcriptional Landscape of the Immune Microenvironment of Colorectal Cancer. Clin Transl Med. 2021 Jan; 11(1): e253. doi: 10.1002/ctm2.253(通讯作者）(if:11.492)
7.Jiaqi H, Chongyin H, Jiayuan Z, Huisheng L, Rui L, Wei L, Pei C, Fei L, Dynamic network biomarker of pre-exhausted CD8+ T cells contributed to T cell exhaustion in colorectal cancer, Front Immunol. 2021 Aug 9;12:691142. doi: 10.3389/fimmu.2021.691142. eCollection (通讯作者）(if:8.6)
8.Huisheng L, Jiayuan Z, Jiaqi H, Chongyin H, Rui L, Xueqing Y, Shiping L, Pei C, Rui L, Fei L, Single-cell transcriptome analysis reveals DHX9 in mature B cell as a dynamic network biomarker before lymph node metastasis in colorectal adjacent tissues, Molecular Therapy: Oncolytics (2021), doi: https://doi.org/10.1016/j.omto.2021.06.004. (通讯作者）(if:7.2)
9.Yilin Huang, Huisheng Liu, Jiaqi Hu, Chongyin Han, Zhenggang Zhong, Wei Luo, Yuhu Zhang, and Fei Ling, Significant Difference of Immune Cell Fractions and Their Correlations With Differential Expression Genes in Parkinson’s Disease, Front. Aging Neurosci., 17 August 2021, doi: 10.3389/fnagi.2021.686066(通讯作者）(if:5.75)
10.Zongchao Mo, Peide Huang, Chao Yang, Sihao Xiao, Guojia Zhang, Fei Ling, Lin Li. Metaanalysis of 16S rRNA Microbial Data Identified Distinctive and Predictive MicrobiotaDysbiosis in Colorectal Carcinoma Adjacent Tissue. mSystems. 2020 Apr 14;5(2). pii: e00138-20. doi: 10.1128/mSystems.00138-20. (通讯作者）(if:7.3)
11.Chongyin Han, Jiayuan Zhong, Jiaqi Hu, Huisheng Liu, Rui Liu and Fei Ling. Single-Sample Node Entropy for Molecular Transition in Pre-deterioration Stage of Cancer. Front. Bioeng. Biotechnol. 2020. Jul 14;8:809. doi: 10.3389/fbioe.2020.00809(通讯作者）(if:6.0)
12.Zhiqiang Jiang; Yilin Huang; Piao Zhang; Chongyin Han; Yueer Lu; Zongchao Mo; Zhanyu Zhang; Xin Li; Sisi Zhao; Fuqiang Cai; Lizhen Huang; Chunbo Chen; Zhihong Shi; Yuhu Zhang; Fei Ling. Characterization of a pathogenic variant in GBA for Parkinson’s disease with mild cognitive impairment patients. Molecular Brain. 2020. Jul 8;13(1):102. DOI: 10.1186/s13041-020-00637-x(通讯作者）(if:4.2)
13.Yueer Lu, Xiao Wang, Hang Yu, Jianlin Li, Zhiqiang Jiang, Bangwei Chen, Yueqi Lu, Chongyin Han, Wei Wang, Ying Ouyang, Lizhen Huang, Chunbo Chen, Weidong Tian, Fei Ling, Evolution and Comprehensive Analysis of DNaseI Hypersensitive Sites in Brain-Related Genes Regulatory Regions of Primates , Front Genet. 2019 Mar 7;10:152. doi: 10.3389/fgene.2019.00152. eCollection 2019. (通讯作者）(if:4.599)
14.Jin Y, Gittelman RM, Lu Y, Liu X, Li MD, Ling F, Akey JM. Evolution of DNAase I Hypersensitive Sites in MHC Regulatory Regions of Primates. Genetics. 2018 Jun;209(2):579-589. doi: 10.1534/genetics.118.301028. Epub 2018 Apr 18. (通讯作者）Top期刊(if:4.562) 本期杂志主页滚动栏展现和编辑亮点文章
15.He DD, Lu Y, Gittelman R, Jin Y, Ling F, Joshua A. Positive selection of the TRIM family regulatory region in primate genomes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 2016 Oct 12;283(1840). pii: 20161602 (通讯作者）Top期刊(if:5.53)
16.Yangmei Yan§, Guojie Zhang§, Xiaodong Fang§, Yanfeng Zhang§, Cai Li§, Fei Ling§, David N Cooper, Qiye Li, Yan Li, Alain J van Gool, Hongli Du, Jiesi Chen, Ronghua Chen, Pei Zhang, Zhiyong Huang, John R Thompson, Yuhuan Meng, Yinqi Bai, Jufang Wang, Min Zhuo, Tao Wang, Ying Huang, Liqiong Wei, Jianwen Li, Zhiwen Wang, Haofu Hu, Pengcheng Yang, Liang Le, Peter D Stenson, Bo Li, Xiaoming Liu, Edward V Ball, Na An, Quanfei Huang, Yong Zhang, Wei Fan, Xiuqing Zhang, Yingrui Li, Wen Wang, Michael G Katze, Bing Su, Rasmus Nielsen, Huanming Yang, Jun Wang, Xiaoning Wang* & Jian Wang*. Genome sequencing and comparison of two non-human primate animal models, cynomolgus monkey and the Chinese rhesus macaque. Nature Biotechnology, 2011, 29(11): 1019-1023 (co-first author) （§同等贡献） (if:54.9)
